Các công đoạn chế biến món nem cua bể theo kiểu Hải Phòng cũng tương tự như đối với món chả nem thông thường. Ngoài nguyên liệu chính là cua bể, còn có các phụ liệu khác bao gồm: tôm tươi bóc vỏ chẻ đôi, thịt băm, mộc nhĩ, miến cắt khúc nhỏ, giá, hành tím... Tất cả trộn đều với gia vị theo một tỷ lệ hợp lý. Sau đó lấy lòng đỏ trứng trộn đều lên nhằm tạo sự kết dính cho nhân nem. Khác với nem dài truyền thống, gói nem vuông phải sắp xếp từng thứ.

Bánh đa sau khi nhúng nước, để ráo, rồi cho các nguyên liệu đã chuẩn bị vào, sau đó gói thành hình vuông. Cua bể có thể luộc hoặc hấp cách thủy nhưng hấp là tốt nhất, rồi sau đó gỡ thịt cua ra bát để riêng. Tỷ lệ pha trộn các nguyên liệu để làm nhân nem cũng đóng vai trò quan trọng bởi tỷ lệ nguyên liệu không hợp lý có thể khiến người ăn chóng ngán, không làm nổi bật hương vị đặc trưng của hải sản như tôm, cua bể. Nói chung trong món nem cua bể Hải Phòng, thịt lợn và tôm do không phải là thành phần chủ đạo nên được sử dụng với tỷ lệ vừa phải và nên pha thêm chút mỡ vào thịt khi băm (xay) để thịt có độ mềm.

Dù nem được gói theo hình vuông hay kiểu cuốn dài quen thuộc thì vẫn phải đảm bảo một số tiêu chí về chất lượng như nem không bị bung ra khi rán, hương vị đặc trưng của thịt cua bể không bị lẫn với mùi vị các nguyên liệu khác, nem có mùi thơm chứ không có vị tanh của hải sản. Rán (chiên) nem cũng là khâu chế biến quan trọng, tốt nhất vớt nem ra khỏi dầu sôi khi nem đã chín vàng, tránh để nem bị cháy cạnh. Nước chấm nem cũng góp phần tăng thêm giá trị của món nem. Thành phần chủ đạo nước chấm nem vẫn là nước mắm nhưng phải là loại thật ngon để pha chế cùng nước đun sôi để nguội cùng dấm, tỏi, ớt, chanh tươi, đường, hạt tiêu và có thể thêm đu đủ xanh thái lát nhỏ.